Provádět kontrolu jsou oprávněni pověření pracovníci příslušné zdravotní pojišťovny, kteří jsou k tomu vybaveni služebním průkazem a zvláštním oprávněním, vydaným ředitelem zdravotní pojišťovny.

Jsou prováděny dva druhy kontrol:

• pravidelné (periodické)
• nepravidelné (operativní).

Pravidelné kontroly se provádějí podle plánu kontrol. Perioda kontrol je stanovena s ohledem na promlčecí lhůtu pro vyměření pojistného a penále. Tato promlčecí lhůta činí dle platného zákona 10 let.

Nepravidelné kontroly se provádějí, pokud dochází k zásadním nebo opětovným poklesům výše plateb pod obvyklý průměr, nebo pokud jiná instituce upozorní na porušování povinností plátce pojistného, v případě ukončení činnosti plátce apod.

Před provedením kontroly oznámí zdravotní pojišťovna plátci pojistného, u kterého bude provedena kontrola, datum zahájení kontroly dopisem (alespoň 2 týdny předem). Kontrola se provádí u plátce pojistného nebo v místě, které je vzhledem k účelu kontroly nejvhodnější v rozsahu nezbytně nutném pro dosažení jejího účelu. Kontrolu u zaměstnavatele s menším počtem zaměstnanců nebo u osoby samostatně výdělečně činné je možné po vzájemné dohodě provést přímo v příslušné zdravotní pojišťovně po předložení potřebných dokladů.

Zaměstnavatelé jsou povinni vést průkaznou evidenci o uskutečněných platbách pojistného. Na žádost příslušné zdravotní pojišťovny jsou povinni předložit údaje rozhodné pro výpočet pojistného, včetně rodného čísla každého zaměstnance.

Plátce pojistného je povinen:

• předložit kontrolnímu pracovníkovi na vyžádání účetní a jiné doklady, jež jsou potřebné pro správné stanovení placení pojistného rozhodné, anebo o které pověřený pracovník požádá, a podat k nim ústně nebo písemně požadované vysvětlení, má-li pověřený pracovník kontroly pochybnost o jejich úplnosti, správnosti nebo pravdivosti
• nezatajovat doklady, které má k dispozici nebo o nichž je mu známo, kde se nacházejí
• zajistit vhodné místo a podmínky k provádění kontroly
• zapůjčit potřebné doklady i mimo prostor provádění kontroly.

Základním písemným dokumentem o provedené kontrole je Protokol o kontrole. Tento dokument je také závazným podkladem pro řešení právních následků provedené kontroly, včetně vystavení výkazu nedoplatků nebo zahájení správního řízení a vydání platebního výměru. Proti Protokolu o kontrole může plátce pojistného podat písemné a zdůvodněné námitky ve lhůtě uvedené v tomto Protokolu. Po uplynutí této lhůty, pokud nedojde ke shodě, vydává zdravotní pojišťovna výkaz nedoplatků nebo přistupuje k zahájení správního řízení a vystavuje platební výměr.