Doplatek rozdílu mezi zaplacenými zálohami a skutečnou výší pojistného (nedoplatek) musí OSVČ zaplatit do 8 dnů po dni, ve kterém byl, popřípadě měl být podán přehled o výši daňového základu za kalendářní rok, za který se pojistné platí.

Je-li úhrn zaplacených záloh naopak vyšší než pojistné vypočtené jako 13,5 % z vyměřovacího základu, jedná se o přeplatek pojistného. Přeplatek pojišťovna vrací, pokud vůči ní plátce nemá jiný splatný závazek (dluh), jinak se použije k jeho úhradě. Pojišťovna vrací pouze přeplatek, jehož úhrnná výše činí nejméně 200 Kč.  O vrácení přeplatku pojistného není třeba zvlášť žádat – za žádost o vrácení přeplatku se považuje samotné podání přehledu, vyplývá-li z něho přeplatek pojistného. Můžete ale požádat o použití přeplatku pojistného na úhradu zálohy na pojistné na další období.

Zdravotní pojišťovna je povinna vrátit přeplatek pojistného do jednoho měsíce ode dne, kdy tento přeplatek zjistila. Ve sporných případech, kdy se rozhoduje ve správním řízení, se lhůta může prodloužit. Pokud zdravotní pojišťovna vrátí přeplatek po uplynutí lhůty stanovené pro rozhodnutí o přeplatku pojistného, je povinna zaplatit penále. Nárok na vrácení přeplatku se promlčuje za 10 let od uplynutí kalendářního roku, v němž vznikl.