Ve sporných případech placení pojistného, penále, vracení přeplatků na pojistném a snížení záloh (jen OSVČ), a ve všech případech týkajících se pokut a přirážek k pojistnému, se postupuje podle předpisů o správním řízení. Takové řízení je zahájeno na podnět jednoho z účastníků, tj. na podnět plátce nebo zdravotní pojišťovny. Po vystavení platebního výměru má plátce pojistného právo na odvolání.

Odvolání proti platebním výměrům, kterým pojišťovna nevyhoví v plném rozsahu autoremedurou, vyřizuje Rozhodčí orgán, nezávislý na zdravotní pojišťovně. Odvolání se nezasílají přímo Rozhodčímu orgánu, ale podávají se prostřednictvím zdravotní pojišťovny, která zahájila správní řízení a vystavila platební výměr.

V případě dlužného pojistného nemá odvolání odkladný účinek. Plátce je povinen uhradit částku vyměřenou platebním výměrem, i když podal odvolání. V případě kladného vyřízení odvolání je platba vrácena. Dlužné pojistné zůstává dluhem, i když je vyměřeno platebním výměrem, vůči kterému bylo podáno odvolání. Vyměřování penále se nepřerušuje.

Platební výměr na dlužné pojistné je vykonatelný (může být soudně vymáhán) po 15 dnech od doručení plátci. Za doručení se považuje i případ, kdy plátce odmítne platební výměr převzít. Vedle práva na odvolání proti platebním výměrům má plátce také možnost požádat o odstranění tvrdosti ve věci vyměření penále, přirážky k pojistnému nebo pokuty.